1993年以前，全国各地在普通高等教育学历证书管理方面的做法不尽一致。有的省、市、自治区和部委对其所属高校的学历证书统一印制或管理,有的则由高校自行印制或管理。由于没有对有关工作的统一要求，加之存在一些管理方面的漏洞，出现了一些办学单位违反国家政策滥办学和乱发文凭的事件，影响了高等教育的办学质量和社会声誉。另一方面，在客观上给不法分子伪造贩卖普通高等教育学历证书以可乘之机。

　　从1993年起，普通高等教育学历证书实行国家、省（自治区、直辖市）或国务院有关部门、学校三级管理。教育部（原国家教委）对地区、部门按招生计划及实际毕业（结业）人数进行总量控制，统一印制普通高等学校毕业和结业证书或证书的内芯；制定有关学历证书的管理规定和实施办法；对学生的毕业（结业）资格审查和证书的办法工作进行检查、监督。2000年，教育部开始建立普通高等教育学历证书电子注册制度，此项改革将使教育部不再统一印制高等教育学历证书内芯，改由高等学校自行印制，但必须进行电子注册，并供网上查询。2000年在北京、天津、辽宁、湖北、重庆五省市试点，2001年在全国实行各类高等教育学历证书电子注册制度。